و این شورا با اشاره به تفسیر خود از اصل 113 قانون اساسی نوشت: تفسیر از اصل 113 قانون اساسی این نیست که رئیس‌جمهور بتواند در مصادیق و جزئیات وظایف و اختیارات مسئولان مختلف نظام دخالت کند.
محمود احمدی‌نژاد 17خردادماه، در نامه‌ای که مخاطبش آیت‌الله احمد جنتی دبیر شورای نگهبان بود، 3مصوبه مجلس شورای اسلامی را به چالش کشیده و نوشته بود برخی مصوبات مجلس با قانون اساسی انطباق ندارد.
بعد از ارسال این نامه، عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان روز شنبه از پاسخ این شورا به محمود احمدی‌نژاد خبر داد و گفت که مشروح نامه روز یکشنبه منتشر خواهد شد. روز گذشته نامه‌ای به امضای آیت‌الله احمد جنتی دبیر شورای نگهبان بر خروجی رسانه‌های خبری قرار گرفت.
آنچه ابتدای پاسخ شورای نگهبان مورد گلایه آیت‌الله احمد جنتی دبیر شورای نگهبان قرار گرفته است رسانه‌ای‌شدن نامه احمدی‌نژاد به این شوراست. این قاعده، البته در تمام نامه‌نگاری‌های سال‌های اخیر چهره‌های سیاسی کشور به اصلی تغییرناپذیر تبدیل شده است؛ بدین صورت که پیش از آنکه نامه به دست مخاطب اصلی خود برسد سر از رسانه‌ها درمی آورد.
دبیر شورای نگهبان ابتدای نامه خود را با پاسخ به پاراگراف پایانی نامه اخیر احمدی‌نژاد، شروع کرده و نوشته است: همانگونه که جنابعالی به درستی در نامه خود مرقوم کرده‌اید مرجع تشخیص خلاف‌شرع و یا خلاف قانون‌اساسی‌بودن مصوبات مجلس شورای اسلامی، شورای نگهبان است که این شورا نیز بر اساس قانون اساسی و آیین‌نامه داخلی خود در انجام این وظیفه قانونی دقت لازم و کافی را معمول داشته است اما یادآور می‌شود که پس از تشخیص این شورا و طی مراحل نهایی، سایر مقامات و نهادها وظیفه‌ای جز اجرای قانون و رعایت آن ندارند.
شاید محمود احمدی‌نژاد در پاراگراف پایانی نامه خود به شورای نگهبان به سخنان علی لاریجانی پاسخ گفته بود که یک روز قبل‌تر از نگارش آن نامه جنجالی، در صحن علنی اظهار داشته بود: بررسی مصوبات خلاف شرع یا خلاف قانون اساسی در متن جایگاه مجمع تشخیص مصلحت نظام نهفته است و جای چون و چرا ندارد.
رئیس‌جمهور اگر چه در نامه‌اش، مخاطب خود را آیت‌الله جنتی قرار داد اما در پاسخ به این اظهارنظر لاریجانی نوشته بود: اینجانب به‌عنوان مسئول اجرای قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، پاسداری از این میثاق دینی و ملی از جمله درخصوص جایگاه بی‌بدیل شورای نگهبان در صیانت از شرع مقدس اسلام و قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران را بر همگان فرض می‌دانم که مرجع انحصاری تشخیص انطباق مصوبات مجلس با موازین اسلام و عدم‌مغایرت مصوبات یاد شده با احکام اسلام اکثریت فقهای معظم شورا و در مورد انطباق و عدم‌تعارض با قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران اکثریت همه اعضای شورای نگهبان است.
در همین پاراگراف محمود احمدی‌نژاد با استناد به اصل 113 قانون اساسی خود را مسئول اجرای قانون اساسی دانسته و براساس همین اصل نیز بر غیرقانونی‌بودن برخی مصوبات مجلس استدلال کرده بود که شورای نگهبان پاسخ داده است: درخصوص مسئولیت اجرای قانون اساسی موضوع اصل 113، این شورا در گذشته نظراتی داشته که توجه حضرتعالی را به‌نظرات مذکور جلب می‌نماید.
در بخشی از این نظرات که در سال 1377 اعلام شده آمده است دایره اصل 113 تنها مربوط به مواردی است که اصلی از اصول قانون اساسی به کلی زمین مانده باشد، مثل اصل هشتم قانون اساسی درباره امر به معروف و نهی از منکر.
علاوه بر اینکه تفسیر از اصل 113 قانون اساسی این نیست که رئیس‌جمهور محترم بتواند در مصادیق و جزئیات وظایف و اختیارات مسئولان مختلف نظام دخالت کند. اصل 113 قانون اساسی تاکید دارد پس از مقام رهبری، رئیس‌جمهور عالی‌ترین مقام رسمی کشور است و مسئولیت اجرای قانون اساسی و ریاست قوه مجریه را جز در اموری که مستقیما به رهبری مربوط می‌شود، بر عهده دارد.
اما این شورا درباره مصوباتی که محمود احمدی‌نژاد در نامه خود به آنها اشاره کرده بود نوشته است: طرح الحاق موادی به قانون ساماندهی و حمایت از تولید و عرضه مسکن در شورای نگهبان مورد بررسی قرار گرفت و به‌دلیل وجود ابهامات و ایرادات به مجلس اعاده شد که پس از اصلاح مصوبه و رفع ابهامات و ایرادات نظر اعضای محترم این شورا مبنی بر عدم‌مغایرت با شرع و قانون اساسی آن به مجلس شورای اسلامی اعلام شد.
در ادامه پاسخ شورای نگهبان آمده : طرح پذیرش دانشجو در آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای، مراکز تربیت معلم و دانشگاه شهید رجایی پس از بررسی در شورا مغایر با شرع و قانون اساسی تشخیص داده نشد.
در نامه شورای نگهبان خطاب به احمدی‌نژاد آمده است: همانگونه که مستحضرید 2مصوبه اول مجلس با نظر شورای نگهبان اکنون به‌عنوان قانون تلقی شده و دستگاه‌های ذیربط مکلف به اجرای آن هستند.
بدیهی است دولت محترم نیز چنانچه از نظر کارشناسی و مصلحت‌سنجی نظراتی داشته باشد، مقتضی است در هنگام طرح مصوبات در مجلس شورای اسلامی آن‌را با نمایندگان محترم مجلس در میان گذاشته تا مورد توجه واقع شود.
شورای نگهبان این نامه را البته با توصیه‌ای به رئیس‌جمهو به پایان رسانده و نوشته است: یادآور می‌شود که رئیس‌جمهور محترم درصورت نیاز به بررسی بیشتر می‌تواند از شورای نگهبان تقاضای تفسیر اصل یا اصولی از قانون اساسی را بنماید.
